קרית מוזיאון ישראל מורכבת ממספר מוזיאונים

המגילות הגנוזות - היכל הספר
מוזיאון שמואל ברונפמן למקרא ולעתיקות
האגף לאמנות יהודית ולאתנוגרפיה
האגף לאמנויות
גן האמנות ע"ש בילי רוז
אגף הנוער ע"ש רות
דגם ירושלים בסוף ימי הבית השני

כדי לענות על צרכיו המיוחדים של הקהל הרחב מציע מוזיאון ישראל בנוסף לתערוכות גם את המתקנים והשירותים הבאים

הספרייה לאמנות ולארכיאולוגיה
חדר הדפסים ורישומים
הספרייה לסוריאליזם ולדאדא
מרכז המידע לאמנות ישראל
המחלקה לשירותי צילום ולזכויות יוצרים
חנות מוזיאון ישראל

שלושה מוסדות לוויין של מוזיאון ישראל ממוקמים מחוץ לקריית המוזיאון הראשית

מוזיאון רוקפלר לארכיאולוגיה
בית טיכו